彭老師畢生撰寫、編輯288篇各式著作，發表超過125種植物新種，為享譽國際的一代植物分類學巨擘。對臺灣引進新的生物多樣性研究觀念及推動分類學研究國際化功不可沒。彭老師也代表我國學術界參與許多國際組職與會議，其中曾於1999–2005年獲選國際植物分類學會 (International Association for Plant Taxonomy) 理事，為華人世界第一人。
行政院農業委員會特有生物研究保育中心《自然保育季刊》第103期，邀請周昌弘院士、鍾國芳副研究員、許再文副研究員及許天銓先生撰文，緬懷彭老師在植物分類學研究上之貢獻；2018年12月國立自然科學博物館、國立自然科學博物館文教基金會與臺灣植物分類學會設置「彭鏡毅博士紀念獎」，為鼓勵我國學生、植物分類學者或參與分類學研究者，進行植物新分類群之發表；2019年三月臺灣植物分類學會舉辦「TSPS 東亞植物分類研究暨 彭鏡毅老師紀念研討會」，多位學者蒞臨，座無虛席，亦有國外學者親臨臺灣共襄盛舉。
